Universitas Yudharta didirikan pada 1 Agustus 2002 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional melalui Dirjen Dikti Nomor: 146/D/O/2002, kemudian diperbaharui dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional melalui Dirjen Dikti Nomor: 919/D/T/2005 s.d Nomor: 929/D/T/2005.
Universitas yudharta dijuluki dengan The Multicultural University ini di ambil atas dasar musyawarah para pendirinya yang dilakukan pada tahun 2001 yang tidak begitu saja terjadi, tetapi melewati proses yang begitu lama.
Adapun bukti dari kampus multikulturalnya yakni pernah diadakannya dialog antar umat beragama yang diselenggarakan diaula universitas tersebut, dimana kegiatan semacam ini jarang sekali kita temui dikawasan pondok pesantren lainnya.
Universitas Yudharta Pasuruan memiliki lima fakultas, yaitu:
Fakultas Teknik yang mengelola empat Program Studi yaitu : Teknik Sipil, Teknik Mesin, Teknik Industri, dan Teknik Informatika
Fakultas Pertanian yang mengelola tiga Program studi yaitu :Teknologi Hasil Pertanian, Agrobisnis, dan Teknologi Hasil Perikanan.
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik yang mengelola tiga Program Studi yaitu :Ilmu Administrasi Negara, Ilmu Administrasi Niaga, dan Ilmu Komunikasi
Fakultas Psikologi yang mengelola satu Program studi yaitu: Psikologi
Fakultas Agama Islam yang mengelola lima Program Studi yaitu : Pendidikan Agama Islam, Pendidikan Bahasa Arab, Ekonomi Islam, Ilmu Tafsir dan Hadist serta Program Studi Pascasarjana (S2) Pendidikan Agama Islam Multikultural.
